@ICONPOLLS 🤜⋆͛ICONPOLLS⋆͛🤛

🐤GAP +7599🐤

11/29+7205 /30+7462 12/1+7587

12/2☆-53+9+23-23-24+2+42+42+12-18(+12)

ヤバい😱

頑張らなきゃ~✊✨

🤜🏻⋆͛web🗳
🔗https://t.co/2WmYThsoj0

🤜🏻⋆͛🏷️🗳
I vote Park Jimin for #MostPowerfulAsian2025 @iconpolls https://t.co/SIkTB37wGG December 12, 2025

うわっ90s GAPのレザージャケット光沢やばい…俺も欲しいけど金欠すぎて泣ける😂

Redingote レザージャケット
https://t.co/cuDEiWlKTr December 12, 2025

え、ギャップのジャケット、めっちゃイイじゃん！ファー取り外しできるの、ずるい！欲しい！

美品！GAPギャップジャケット黒
https://t.co/j1I6GzpVtm December 12, 2025

GAPの40%オフいつまでなの？
12/1に終わったよね？12/1に見てたやつと違うの増えてまだやってるんだけど、 December 12, 2025

産まれる前に買ったGAPの50今ピッタリなのに冬になっちまったからあったかい間にハイペースで着せている…
👶暑がりすぎて20℃まではコンビ肌着だけなんだけど大丈夫なんかな？😇
うちわで扇ぐとめちゃくちゃ笑うんだが😇12月よ？？ https://t.co/YI9PtK6Xbf December 12, 2025

うおおお本革短丈ボンバジャケ見つけたー！これ井口さん着てそうなやつじゃん…私も欲しいよぉぉぉ～！😂

【短丈】 レザーボンバージャケット OLD GAP オールドギャップ風
https://t.co/9LFxHIv8uF December 12, 2025

@ICONPOLLS 票差7606🔥🔥🔥

ようやく投票できた😭
GAP7606凄い🔥🔥🔥🔥🔥

iCON
🔗 https://t.co/laqlkeYHGx

I vote "Park Jimin" for #MostPowerfulAsian2025 @ICONPOLLS https://t.co/vLqhaj3Tpd December 12, 2025

@jiminlove7716 @ICONPOLLS ponちゃん🩷アンニョン(｡•ᴗ•ฅ)
今日から嬉しくて忙しい日々が始まるね💕
今日は21時からだから家事をササッとかたずけなきゃ✊だね
投票Shazamも〜ファイティンしよう(Gap7517)

I vote "Park Jimin" for #MostPowerfulAsian2025
@iconpolls https://t.co/oPrtC1PFoo December 12, 2025

【論文紹介】Finishing a complete giraffe genome from telomere to telomere with Verkko-Fillet

キリンに限らず哺乳類２倍体ゲノムのアセンブリによく使われるVerkko（べるっこ）。これはすごいアセンブラーだけども限界はある
ギャップやGraph tangleができたり、テロメア部分が繋がらなかったり、HaplotypeのPathが正しくできなかったり
そういう場合はマニュアルキュレーションが必要になるけれどもそれをもう少し自動的に、アルゴリズム的に動くツールがVerkko-Fillet

Verkko-Filletでは、Verkkoで作ったドラフトアセンブリのGapの中身をナノポアリードから見つけ、tangle のどのパスが正しいかを推定、テロメアの誤った部分を trimmingしたり、Contig をソートしたり入れ替えたりしながら最終 Consensus を作っていく
そうやってT2Tを完成させるらしい

この論文にはたくさんのツールが登場する（書ききれないくらい！）それらを一連のワークフローにまとめたのがVerkko-Filletというものか（理解合ってる？）

使ったデータ量もすごい
90× PacBio HiFi ＋ 45× ナノポア duplex ＋ ultra-long (100 kb+) ＋ trio (Illumina) ＋ Hi-C
↑これだけのデータを出すのに10年前ならお金持ちの研究所しかできなかっただろうに、今なら普通のラボでも受託でもできてしまう時代ですね。でもやっぱり解析はがんばらないと、かな？

論文中でも述べているけれどナノポアのウルトラロングはGapを埋めてContiguityを伸ばすのにとても効果的！

ところでなぜキリン🦒？
１）首が長いのに高血圧に耐性がある、という極端な生物形質に至った進化の解明のためと、
２）既存リファレンスが不完全で、正しい染色体構造を知る必要があったため
だそうです。キリンは確かに血圧が高そうだな

ーーーーーーー
この論文ではロングをナノポアとPacBioの両方使っているけれど、ロングはどっちかで良いんじゃない？と思い、仮にナノポアだけ（とIllumina）のデータでやったらどう使えるのかを、ChatGPTさんに聞いてみた　
以下はざっくりレシピ（こちらは論文には書いていないので　念のため）

１）データ取得
ナノポア：~40–60×（うち ≥30× は ウルトラロング）
Illumina（個体）＋できれば trio Illumina＋Hi-C

２）Verkko で初期アセンブリ
Q20+/duplex を --hifi or すべて --nano（設計次第）
trio＋Hi-C があれば論文と同じように指定

３）Verkko-Fillet
read_Verkko() → QV / T2T 統計
GraphAligner で ONT→graph アライン → gap filling（loops, tangles, missing edges）
internal telomere 検出＆trimming、contig 連結、flip/sort

４）再 consensus（Verkko）
修正済み path を渡して Verkko の consensus モジュールだけ再実行

５）ONT＋Illumina で polishing
ONT＋Illumina のハイブリッド variant calling
bcftools などで consensus 適用
Merqury＋BUSCO＋Flagger で改善を確認

６）rDNA / PAR / chrY などを仕上げ
Ribotin morph / PAR masking など Verkko-Fillet のユーティリティで最終調整

だそうです

https://t.co/CtlNMgvhHd December 12, 2025

しごおわ〜✨
今日も推し活のためにがんばった☺️
朝電車内で背面取られずコソコソ読んだCRAFT(主にGAPS)、帰宅したらゆっくり読みたい December 12, 2025